Tout commence par une machine de voyage temporel qui après une expédition en l'an 1477, l'objectif était de détruire cette machine pouvant changer le futur comme le passé et réécrire l'histoire... Alors que la mission était un franc succès, un homme du nom de Otto Apocalypse réussi à insérer la carte permettant de changer l'histoire de notre monde, réécrivant ainsi celle-ci.
Hélas, cet homme disparu mystérieusement, ne laissant aucune trace de son existence hormis cette machine...
Nous sommes en l'an 3077 un monde devenu connecté, il très avancé technologiquement, dans ce monde se trouve une académie construite le 22 septembre 3013 du nom de St.Freya, celle-ci entraîne des jeunes de notre société actuelle comme aide ceux n'ayant pas eu de chance lors des deux premières éruptions qui ont anéantis une partie du Japon et de l'Europe, faisant plusieurs millions de morts, d'autres ayant perdus leurs proches et se retrouvant sans toit aux griffes de créatures que nous nommons des bêtes Honkai.
Le 22 septembre 1180 dans un autre monde, une académie est construite ce même jour en même temps. Cette académie du nom de Shaowurong est liée tout comme ceux l'ayant construite, à celle de St.Freya, celle-ci forme de jeunes disciples pour combattre une grande menace du nom d'ombrage. C'est à partir de ce moment qu'un portail va être créer en connectant les deux mondes.
Orëa et Symphoria sont liée par le destin depuis la naissance du monde Alternatif et Originaire. Les ancestraux venant d'Orëa et originaires de Symphoria sont lier à vie, si l'un meurt, l'autre meurt de l'autre côté. Il partage une route différente mais une destinée final identique.
Leurs ennemis sont différents et pourtant ils vont être confrontés à se rencontrer pour venir à bout d'une menace commune... Les Ascians !
Venus tout droit du futur, ils menacent le passé pour réécrire l'histoire !
D'un mélange entre le Honkai et Ombrage, les Ascians sont une race dominante venant du futur, ils ont eux aussi utilisés une machine pour voyager entre passé, présent et futur et cherche à éliminés les humains et ancestraux de leurs mondes en exterminant leurs ancêtres du passés ! Ils menacent nos deux mondes, et ne laisse d'autre choix aux deux mondes que d'unir leurs forces pour formés l'élite contre eux.
